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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
22/06/2016 |
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Data da última atualização: |
22/06/2016 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SILVA, J. M. da; GIACHETTO, P. F.; SILVA, L. O. da; CINTRA, L. C.; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R. |
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Afiliação: |
JOAQUIM MANOEL DA SILVA, Unemat, IB/Unicamp; POLIANA FERNANDA GIACHETTO, CNPTIA; LUIZ OTAVIO CAMPOS DA SILVA, CNPGC; LEANDRO CARRIJO CINTRA, CNPTIA; SAMUEL REZENDE PAIVA, SRI; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, Cenargen. |
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Título: |
Genome-wide copy number variation (CNV) detection in Nelore cattle reveals highly frequent variants in genome regions harboring QTLs affecting production traits. |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, London, v. 17, p. 1-14, 2016. |
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DOI: |
10.1186/s12864-016-2752-9 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Background: Copy number variations (CNVs) have been shown to account for substantial portions of observed genomic variation and have been associated with qualitative and quantitative traits and the onset of disease in a number of species. Information from high-resolution studies to detect, characterize and estimate population-specific variant frequencies will facilitate the incorporation of CNVs in genomic studies to identify genes affecting traits of importance. Results: Genome-wide CNVs were detected in high-density single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping data from 1,717 Nelore (Bos indicus) cattle, and in NGS data from eight key ancestral bulls. A total of 68,007 and 12,786 distinct CNVs were observed, respectively. Cross-comparisons of results obtained for the eight resequenced animals revealed that 92 % of the CNVs were observed in both datasets, while 62 % of all detected CNVs were observed to overlap with previously validated cattle copy number variant regions (CNVRs). Observed CNVs were used for obtaining breed-specific CNV frequencies and identification of CNVRs, which were subsequently used for gene annotation. A total of 688 of the detected CNVRs were observed to overlap with 286 non-redundant QTLs associated with important production traits in cattle. All of 34 CNVs previously reported to be associated with milk production traits in Holsteins were also observed in Nelore cattle. Comparisons of estimated frequencies of these CNVs in the two breeds revealed 14, 13, 6 and 14 regions in high (>20 %), low (<20 %) and divergent (NEL > HOL, NEL < HOL) frequencies, respectively. Conclusions: Obtained results significantly enriched the bovine CNV map and enabled the identification of variants that are potentially associated with traits under selection in Nelore cattle, particularly in genome regions harboring QTLs affecting production traits. MenosBackground: Copy number variations (CNVs) have been shown to account for substantial portions of observed genomic variation and have been associated with qualitative and quantitative traits and the onset of disease in a number of species. Information from high-resolution studies to detect, characterize and estimate population-specific variant frequencies will facilitate the incorporation of CNVs in genomic studies to identify genes affecting traits of importance. Results: Genome-wide CNVs were detected in high-density single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping data from 1,717 Nelore (Bos indicus) cattle, and in NGS data from eight key ancestral bulls. A total of 68,007 and 12,786 distinct CNVs were observed, respectively. Cross-comparisons of results obtained for the eight resequenced animals revealed that 92 % of the CNVs were observed in both datasets, while 62 % of all detected CNVs were observed to overlap with previously validated cattle copy number variant regions (CNVRs). Observed CNVs were used for obtaining breed-specific CNV frequencies and identification of CNVRs, which were subsequently used for gene annotation. A total of 688 of the detected CNVRs were observed to overlap with 286 non-redundant QTLs associated with important production traits in cattle. All of 34 CNVs previously reported to be associated with milk production traits in Holsteins were also observed in Nelore cattle. Comparisons of estimated frequencies of these CNVs in the two breeds revealed... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Copy number variations; Genotipagem; Polimorfismo de nucleotídeo único; SNP genotyping. |
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Thesagro: |
Gado de corte. |
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Thesaurus Nal: |
Beef cattle; Bioinformatics; Genotyping; High-throughput nucleotide sequencing; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/144667/1/AP-Genome-Silva-et-al.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 13 | |
| 2. |  | DEUS, K. E. de; MITSUZONO, S. T.; SILVA, L. O. da; NATALI, R. L.; LANNA, A. C.; CARVALHO, M. A. de F.; VIANELLO, R. P. Aspectos fisiológicos e agronômicos de feijoeiro comum cultivado sob condições de baixa disponibilidade hídrica. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 6., 2012, Santo Antônio de Goiás. Resumos apresentados. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2012. p. 67. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 275).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 3. | | SILVA, L. O. da; GUERRA, J. G. M.; GOULART, J. M.; ARAUJO, E. da S.; ESPINDOLA, J. A. A.; ROUWS, J. R. C. Avaliação da fertilização com compostos fermentados confeccionados a partir de farelos vegetais e resíduos agrícolas no cultivo orgânico de salsa. In: SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DÖBEREINER, 22., 2022, Seropédica. Bicentenário da Independência: 200 anos de ciência, tecnologia e inovação no Brasil: caderno de resumos... Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2022.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 4. | | SILVA, L. O. da; ASSIS, R. L. de; SILVA, L. L. da; SOUZA JUNIOR, J. B. de; AQUINO, A. M. de; GUERRA, J. G. M. Caracterização do teor de umidade de compostos fermentados confeccionados a partir de misturas de bagaço de cervejaria com diferentes farelos vegetais. In: SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DÖBEREINER, 19, 2019, Seropédica, RJ. Bioeconomia, diversidade e riqueza para o desenvolvimento sustentável. Caderno de resumos... Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2019.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 5. | | MITSUZONO, S. T.; DEUS, K. E. de; NATALI, R. L.; SILVA, L. O. da; CARVALHO, M. A. de F.; LANNA, A. C. Caracterização bioquímico-fisiológica de plantas de feijoeiro comum submetidas à deficiência hídrica. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 6., 2012, Santo Antônio de Goiás. Resumos apresentados. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2012. p. 26. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 275).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 6. | | THUNG, M.; AIDAR, H.; KLUTHCOUSKI, J.; OLIVEIRA, I. P. de; DEL PELOSO, M. J.; SILVA, L. O. da; SOARES, D. M.; YOKOYAMA, L. P. Feijões especiais: agregação de valor à agricultura familiar e inserção do país no mercado internacional. In: CONGRESSO NACIONAL DE PESQUISA DE FEIJÃO, 7., 2002, Viçosa, MG. Resumos expandidos. Viçosa: UFV; DFT, 2002. p. 391-393.| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 7. | | SILVA, J. M. da; GIACHETTO, P. F.; SILVA, L. O. da; CINTRA, L. C.; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R. Genome-wide copy number variation (CNV) detection in Nelore cattle reveals highly frequent variants in genome regions harboring QTLs affecting production traits. BMC Genomics, London, v. 17, p. 1-14, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 8. | | THUNG, M.; AIDAR, H.; OLIVEIRA, I. P.; KLUTHCOUSKI, J.; SILVA, L. O. da; CARNEIRO, G. E. S.; DEL PELOSO, M. J.; CABRERA DIAZ, J. L.; SOARES, D. M. Response of large seeded bean to fertility levels in Brazilian Savannah. Annual Report of the Bean Improvement Cooperative, East Lansing, v. 44, p. 57-58, Mar. 2001.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - B |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 9. | | MARIANTE, A. da S.; FIGUEIREDO, G. R. de; ROSA, A. do N.; EUCLIDES FILHO, K.; MATTOS, S. de; SILVA, L. O. da; MULLER, L. Efeitos de grupos geneticos sobre caracteristicas de carcacas bovinas. In: REUNIAO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 19., 1982, Piracicaba. Anais. Campinas : SBZ, 1982. p.233-234. CNPGC.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 10. | | THUNG, M.; AIDAR, H.; KLUTHCOUSKI, J.; OLIVEIRA, I. P. de; YOKOYAMA, L. P.; DEL PELOSO, M. J.; SOARES, D. M.; SILVA, L. O. da. Major dry beans market class in Brazil and performance of selected large-seeded types. Annual Report of the Bean Improvement Cooperative, v. 45, p. 108-109, Mar. 2002.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 11. | | THUNG, M.; FERREIRA, R. M.; MIRANDA, P.; MODA-CIRINO, V.; FERRÃO, M. A. G.; SILVA, L. O. da; DOURADO, V. V.; HEMP, S.; SOUZA, B.; SERPA, J. E. S.; ZIMMERMANN, M. J. O.; SINGH, S. P. Performance in Brazil and Colombia of common bean lines from the second selection cycle. Revista Brasileira de Genética, v. 16, n. 1, p. 115-127, 1993.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 12. | | PACHÊCO, L. C.; RIPARDO FILHO, H. da S.; SOUZA FILHO, A. P. da S.; GUILHON, G. M. S. P.; ARRUDA, M. S. P.; PAES, S. S.; SILVA, L. O. da; SILVA, I. de S.; ANDRADE, E. da S.; LOPES JUNIOR, M. L.; SANTOS, L. S. Atividade alelopática de esteróides de Moutabea guianensis. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE QUÍMICA, 35., 2012, Águas de Lindóia. Responsabilidade, ética e progresso social: trabalhos. [São Paulo]: SBQ, 2012. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 13. | | LOPES JUNIOR, M. L.; PACHECO, L. C.; RIPARDO FILHO, H. da S.; ARAÚJO, R. N. M.; SILVA, L. O. da; PAES, S. S.; SILVA, M. N. da; GUILHON, G. M. S. P.; MARINHO, A. M. R.; SOUZA FILHO, A. P. da S.; SANTOS, L. S. Atividade alelopática e metabólitos produzidos pelo fungo endofítico Glomerella cingulata. In: REUNIAO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE QUÍMICA, 35., 2012, Águas de Lindóia. Responsabilidade, ética e progresso social: trabalhos. [São Paulo]: SBQ, 2012. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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